A Universidade de Coimbra teve pela primeira vez uma Faculdade de Farmácia em 1921. A instituição voltou a ter estatuto de Escola em 1932 e em 1968 foi restaurada a Faculdade. Na Escola apenas era possível obter o grau de bacharel. Na Faculdade todos os graus académicos. Em 1978, as Faculdades de Farmácia estabelecidas tanto em Coimbra, como em Lisboa e no Porto, sofreram uma reforma, que dividiu o curso ministrado em três ramos de ensino: farmácia de oficina e hospitalar, farmácia industrial e análises químico biológicas. A situação foi alterada em 1988 por directivas europeias, que sugeriam uma formação única de licenciado em Ciências Farmacêuticas o que foi materializado no ensino farmacêutico.É com base nesse percurso que a Faculdade de Farmácia da Universidade de Coimbra desenvolve hoje os seus cursos. Propondo uma formação académica de excelência num domínio em que o número de cursos em ciências farmacêuticas e de licenciados tem vindo a crescer, a FFUC alia à força e prestígio de um ensino multissecular a pluralidade de uma formação moderna.

Instalada no antigo Palácio dos Mellos desde praticamente a sua génese, a Faculdade de Farmácia da Universidade de Coimbra foi crescendo em importância e dimensão. Porém as soluções logísticas encontradas, quer no edifício do Museu, quer no edifício dos Ex-Huc, enquanto soluções de recurso, desde há muito deixaram de satisfazer as reais necessidades da Instituição. Correspondendo a um desejo e simultaneamente uma necessidade a Faculdade de Farmácia da Universidade de Coimbra está prestes a iniciar um processo de mudança de instalações que é simultaneamente o corolário do reconhecimento da qualidade e da excelência do ensino, investigação e serviços prestados. As novas instalações, situadas no Pólo das Ciências da Saúde, integram-se num dos maiores, mais complexos e diversificados conjuntos de serviços europeus na área da Saúde. Distribuídas por três novos edifícios, as novas instalações foram construídos de acordo e para satisfazer os mais elevados padrões de qualidade e exigência, interligando-se entre si. Pensadas numa linha de complementaridade com a zona envolvente, as novas instalações foram pensadas para dar a todos quantos nelas irão estudar, trabalhar ou investigar, as melhores condições e conforto para o exercício das respectivas actividades. O Edifício da Faculdade, destina-se ao ensino, à investigação e à prestação de serviços. Nele se congregam todas as áreas do saber ligado às Ciências da Saúde e em particular às Ciências Farmacêuticas desde a aprendizagem, ao saber fazer e ao estudo e investigação ao mais alto nível. O Edifício da Biblioteca das Ciências da Saúde, já concluído, servirá não apenas as Faculdades de Farmácia e de Medicina, mas também diversas outras instituições e profissionais da área, será dotado de um sistema de gestão e condições inovadoras que o tornará numa referência no seu domínio de actuação. Num terceiro edifício que deverá estar concluído em 2009, serão instalados os órgãos de direcção e serviços das Faculdades de Farmácia e de Medicina.